De analyse van DNA omvat verschillende soorten moleculaire experimenten en biologische procedures. DNA is een fragiele en gecompliceerde grondstof, dus verwerken en analyseren van het vereist de beste kwaliteit en de zuiverste voorbereiding van chemische stoffen. Afhankelijk van de analyse, zijn honderden chemische stoffen, van zuur en fundamentele oplossingen tot buffers en kleurstoffen, betrokken bij de studie van DNA. Begrijpen waarom sommige chemische stoffen zijn gebruikt is de sleutel tot succesvolle experimenten uitvoeren en het verkrijgen van nauwkeurige, betrouwbare en reproduceerbare resultaten.
Ethyleendiaminetetraacetaat voor DNA zuivering
Drie soorten DNA zijn gezuiverd voor wetenschappelijk werk: DNA van het genoom (genomic DNA), het hele DNA van de cel (totale DNA) of van plasmiden, die zichzelf kunnen vermenigvuldigen. Cel Totaal DNA zuivering maakt gebruik van chemische stoffen, waarmee de vernietiging van een groot aantal celmembranen tijdens lysis van de cel. De chemische ethyleendiaminetetraacetaat (EDTA) wordt vaak gebruikt om kant-en klaarmaaltijden om magnesium ionen, die nodig zijn voor het behoud van de stijfheid van de celwand, waardoor deze af te zwakken tot het punt dat ze samenvouwen of scheuren, het vrijgeven van de inhoud van de cel en het DNA voor analyse. Daarnaast EDTA beschermt en behoudt de integriteit van DNA door remming van de enzymen die normaal aanwezig zijn in de cel, die kunnen het fragment van DNA en het onbruikbaar maken.
Magneisum Chloride voor DNA-amplificatie
De polymerase-kettingreactie (PCR) is een geavanceerde analyse-methode gebruikt om het versterken van meerdere duizenden kopieën van een DNA-molecule, echter het is beladen met technische problemen en onnauwkeurigheden. Veel wetenschappers, is het daarom routinematig uitvoeren met meerdere verschillende sets van PCRs te vinden van de meest optimale conditie en parameters voor een bepaald gen van belang. Een chemische stof gebruikt voor het uitvoeren van een dergelijke optimalisatie is magnesium, die het enzym van de polymerase van DNA in de PCR gebruikt stabiliseert en fungeert als een essentiële co-factor voor de activiteit van het enzym. Voor PCRs, wordt magnesium in de vorm van een magnesium chloride buffer gebruikt.
Ethidiumbromide voor DNA kleuring
Ethidiumbromide is een kleurstof die aan DNA bindt door uitglijden tussen de nucleotiden die deel van een dubbele DNA-helix in een proces dat bekend staat als bekomt uitmaken. Deze kleurstof kan vervolgens worden verlicht met een UV-lamp, zodat het DNA waaraan de ethidiumbromide is gebonden kan worden gevisualiseerd. Echter ten minste 1 nanogramgebied van DNA is vereist voor de ethidiumbromide te bezien goed, dus het is een manier van het opsporen van DNA PCR-versterkte. Hoewel goedkoop en op grote schaal gebruikt, maar het is ook een mutagene chemische stof bekend om kanker te veroorzaken, zodat het gebruik ervan in laboratoria is sterk gereguleerd en veel wetenschappers zijn bewegen tot het gebruik van minder toxische alternatieven.
