Beheer boekhouding kunnen een doeltreffend instrument voor business planning, strategische ontwikkeling en interne controle. Op hetzelfde moment zijn er mogelijke problemen die zich voordoen kunnen door uitsluitend op management accounting-gegevens te vertrouwen. Alleen afhankelijk van beheer boekhouding kan gevaarlijk zijn en leiden van een bedrijf in de verkeerde richting. Managers moeten zich bewust zijn van de nadelen van management accounting zodat ze de informatie verstrekt op een kritische wijze kunnen evalueren. Managers die kunnen dit doen zal zitten kundig voor management accounting-gegevens gebruiken in combinatie met andere gegevens om onderbouwde zakelijke beslissingen te nemen.
Gebrek aan standaardisatie
Boekhouden is sterk gestandaardiseerd, met financiële accountants met behulp van de richtsnoeren zoals Generally Accepted Accounting Principles (GAAP). In schril contrast met dit, beheer boekhouding beschikt niet over een set van standaardprocedures. Een management accountant kan bedenken haar eigen systemen en statistieken te evalueren van de financiën van een organisatie. Het nadeel hiervan is dat een accountant methode sterk van andermans methode variëren kan. Dit kan leiden tot inconsistenties in de manier waarop dat financiële benchmarks en evaluaties worden gemeten. Het vereist ook accountants aan veel meer goed geïnformeerd en kunnen interpreteren de boekhoudsystemen ontwikkeld door anderen.
Overdreven nadruk op kwantitatieve informatie
Kwantitatieve gegevens kunnen waardevol zijn in het maken van weloverwogen zakelijke beslissingen. Management accounting, maar richt zich uitsluitend op kwantitatieve maatregelen en gaat voorbij aan factoren die niet kunnen worden gemeten in dollars en centen. Het lijkt bijvoorbeeld financiële zinvol om te verhuizen van een productiefaciliteit naar een regio met lagere loonkosten. Management accounting kunt berekenen de lonen besparingen en bepaalde stijgingen van de kosten die zouden kunnen optreden (bijvoorbeeld, het verschepen kosten of invoerrechten). Beheer boekhouding kan niet, echter rekening houden met dingen zoals de besparingen gerelateerde aan de goodwill van de leden van de Gemeenschap in de regio, of PR-problemen die kunnen voortvloeien uit een dergelijk besluit. Management accounting is zeer rationeel kan, maar soms wordt volledig rationeel een nadeel.
Subjectiviteit
Management accounting zorgt voor een groot deel van subjectiviteit bij het maken van statistieken en methoden voor het meten van prestaties. Dit is problematisch, omdat de accountant van persoonlijke overtuigingen en vooroordelen kunnen een invloed hebben op de manier waarop de prestaties worden gemeten. Bijvoorbeeld, als een verslag over de bedrijfsvoering vereist is voor het meten van de productiviteit van werknemers, kan zij uitsluitend zijn gericht op output en niet rekening account werknemer "inputs" die een diepgaand effect op de algehele productiviteit hebben kunnen. Dit geldt voor zowel de onderneming als de werknemers. Het bedrijf wordt beïnvloed omdat de informatie die het gebruik van niet de beste wellicht en werknemers kunnen worden beïnvloed als ze voelen dat ze niet vrij worden momenteel beoordeeld.