De Filippijnen heeft geïdentificeerd door Conservation International als één van de biologisch rijkste landen in de wereld. Regenwoud oorspronkelijk gedekt allermeest naar de 7.100 van de eilanden van de Filippijnen, maar overmatig ruimen van het land heeft gedreigd veel van de inheemse diersoorten. Met ingang van 2010 slechts ongeveer 7 procent van de oorspronkelijke bos blijft. De IUCN Rode lijst, een algemeen erkend evaluatie van bedreigde plant- en diersoorten, classificeert veel dieren in de Filippijnen als bedreigd of kritisch bedreigde, wat betekent dat ze geconfronteerd met een zeer hoge of zeer hoog risico op uitsterven.
Tamaroe
De tamaroe (Bubalus mindorensis), een soort kleine wilde buffels, is altijd bewoond slechts één eiland in de Filipijnen, Mindoro. Tot de jaren 1900, zijn natuurlijke habitat was grotendeels ongewijzigd, maar toen het eiland werd toegankelijker voor de mens, de tamaroe bevolking daalde. Jacht, zijn verlies van habitats en ziekte de drie belangrijkste redenen voor de daling van de bevolking. De International Union for Conservation of Nature en natuurlijkehulpbronnen (IUCN) rode lijst classificeert de tamaroe als kritisch bedreigde. De bevolking wordt geschat op minder dan 200, waardoor het een van's werelds zeldzaamste zoogdieren.
Filipijnse krokodil
De Filipijnse krokodil (Crocodylus mindorensis) is een relatief kleine soort krokodil die wordt gevonden in slechts een paar zoetwater gebieden in de Filippijnen. Hoewel het oorspronkelijke bereik van de krokodil over de gehele Filippijnen was, commerciële exploitatie van het dier en het verdwijnen van zijn leefgebied door de mens voor landbouwdoeleinden gedaald zijn bereik en getallen. De Filipijnse krokodil is geclassificeerd als kritisch bedreigd door de IUCN Rode lijst.
Tupaia herten
De Tupaia herten (Hyelaphus calamianensis) komt alleen in de Tupaia eilanden in het westelijke deel van de Filipijnen. In de jaren 1940 was er nog een grote populatie, maar door de jaren 1970 het aantal dieren had reeds aanzienlijk afgenomen. De primaire bedreiging voor het dier is niet loggers en boeren ontruimen van het land, want het is voor vele andere bedreigde soorten in de Filippijnen, maar jagen. De enige grote predator in de Tupaia herten natuurlijke habitat is man. De IUCN Rode lijst classificeert H. calamianensis als bedreigd.
Visayan wrattenzwijn
Terwijl de Visayan wrattenzwijn (Sus cebifrons) waarschijnlijk ooit gedurende de centrale Filipijnse eilanden woonde, is het nu beperkt tot slechts twee eilanden. De belangrijkste reden voor de daling van de bevolking is de lopende clearing van land voor de landbouw. Omdat het een plaag wordt beschouwd door de lokale boeren, de Visayan wrattenzwijn is niet een beschermde dier en nog steeds worden gejaagd. De IUCN Rode lijst classificeert S. cebifrons als kritisch bedreigde.
Gouden-afgetopte roezet
De gouden-afgetopte leucotis (Acerodon jubatus), ook bekend als de reus gouden gekroonde flying fox, is een van's werelds grootste vleermuizen, met een spanwijdte van maximaal 5 en een halve voeten. Het kan nog steeds worden gevonden over een groot gebied van de Filipijnen, maar elke individuele bevolkingsgroep is vrij klein. Jacht en ontbossing is de bevolking tot het punt waar de vleermuis is geëlimineerd volledig op een aantal eilanden afgenomen. De IUCN Rode lijst classificeert de gouden-afgetopte leucotis als bedreigd.