Onder de stress van het milieu produceren sommige soorten bacteriën endosporen; endosporen zijn ingekapselde pakketten van niet-reproductieve genetisch materiaal. Endosporen toestaan bacteriën overleven van voorwaarden die zouden anders de eencellige organismen vernietigen. Het woord endospore betekent "innerlijke zaad." Trouw aan de naam, de endosporen formulier binnen bacteriën; ze maken deel uit van de voorlopercellen organisme, hoewel, en niet waar zaden. Endospore-vormende bacteriën weerstaan inspanningen uit te roeien, waardoor pathogene endosporen---zoals degenen die verantwoordelijk zijn voor botulisme en anthrax---vooral dodelijk.
Onvoldoende voedselvoorziening
Bacteriën die hun voedingsstoffen uitlaat leveren formulier endosporen om weer de hongersnood. Wanneer gastheerorganismen sterven, endosporen formulier en de essentiële genetische informatie binnen elke bacterie inkapselen, toestaand het om slapende tot de volgende host opneemt of het inhaleert. Andere endospore-vormende bacteriën blijft in deze slapende toestand buiten elke host. De mail-gedragen miltvuur aanval die vijf mensen gedood en meer dan een dozijn anderen ziek in 2001 bevatte Bacillus anthracis endosporen in de vorm van een wit poeder. De organismen die geen host nodig in hun endospore-fase.
Straling
Straling van invloed is op het genetische materiaal in bacteriën zoals dit ook in grotere en complexere organismen gebeurt. Onder de aanval van straling, endospore-vormende bacteriën kapselen hun essentiële genetische informatie en weer de radioactieve storm. Doorstraling van voedsel doodt gemakkelijk bacteriën die niet kunnen endosporen vormen, maar zal niet doordringen in de coating van een endospore te maken van de cel niet levensvatbaar. Het gebruik van bestraling als een anti-microbiële maatregel vereist langere en meer blootstelling aan de radioactieve bron te doden endosporen.
Warmte
Warmtebehandeling denatureert cel eiwitten; voor onbeschermde bacteriële cellen doodt de hoge hitte. Endosporen kunnen zelfs onderdompeling in kokend water, waardoor ze moeilijk uit te roeien tijdens het steriliseren van medische apparatuur of laboratorium tools verdragen. Verwarming items ver boven het kookpunt van water zal meestal doden endosporen, maar koken alleen kon laten ziekteverwekkers levensvatbare na de sterilisatie poging. Ken Alibek, een vermeende germ warfare expert, maakte de vordering in 2001 dat mail met een huishoudelijke stoomstrijkijzer Strijkservice gesteriliseerd elke mogelijke anthrax-besmetting, maar als Bacillus anthracis overleeft temperaturen hoger dan die van die een binnenlandse ijzer kan produceren, deze bewering is onjuist.
Chemische stoffen
Chloor, alcohol en een gastheer van andere ontsmettingsmiddelen voldoende zijn om te doden van het merendeel van de bacteriën op van vervuilde oppervlakken, maar endosporen kunnen weerstaan aan vrijwel alle huishoudelijke reinigingsmiddelen. Hun hardy, maar relatief nietreactief, eiwit vacht beschermt hen tegen de oxiderende gevolgen van zwakke bleekmiddel oplossingen. Ontsmettingsmiddelen die doordringen endosporen en vernietigen van de slapende organisme die ze bevatten zijn zelf potentieel toxische, beperken hun nut.