Eiwit databank (VOB) bestanden worden gebruikt door computationele biologen eiwitstructuur, functie en eigenschappen zoals drug bindende te studeren. VOB bestanden zijn verkrijgbaar bij diverse archieven en een industrie-standaard formaat voor het weergeven van de technische gegevens van structurele experimenten zoals röntgendiffractie of nucleaire magnetische resonantie. VOB bestand creatie is zeer ingewikkeld en vereist een grondig begrip van de uitgebreide structuurchemie, Softwareprogrammering en geavanceerde bioinformatics. Online hulpmiddelen worden nu gebruikt om dit enigszins te vereenvoudigen. Hoewel verplicht bij elke stap, worden codering en programmering van de details weggelaten uit de volgende samenvatting van VOB bestanden maken met behulp van de RCSB PDB-tools.
Wat die u nodig hebt
- De toegang tot breedband Internet
- Eiwit kristallografie raw data-bestanden
VOB bestand maken in de RCSB databank
Technische gegevens met betrekking tot het eiwit of nucleïnezuur van belang met behulp van haar structuur, die de gebruiker moet hebben verkregen vóór begin verzamelen. Reeks archieven, zoals UniProt of BLAST worden meestal gebruikt voor dit. Als liganden of andere bindende moleculen worden gebruikt, probeer Ligand Expo. Een uitgebreide lijst van bestanden en gegevens is vereist voor het VOB bestand volledig te zijn, en dit kan het volgende omvatten: coördineren bestanden structuur factor bestanden, opeenvolgingsinformatie, broninformatie, biologische vergadering, methode voor het verzamelen van gegevens, gegevensverwerkings, statistieken van verfijning, software en tools gebruikt.
De technische gegevens van het eiwit van de doelstelling om te bepalen als de experimentele methode gebruikt voor het verzamelen van de numerieke waarden door röntgendiffractie van nucleaire magnetische resonantie was analyseren.
Wijzigen van de gegevens naar een indeling die door de online tool zal begrijpen door te converteren met behulp van RCSB de "SF-Tool." Ervoor te zorgen dat de ingevoerde gegevens het uiteindelijke gecorrigeerde eiwit kristal was, bekend als de kristallografische verfijning. Een lijst van definities en gegevensindelingen is beschikbaar op de website.
"VOB Extract 4" of andere vormen van ADIT, die zal compileren en de experimentele gegevens voorbereiden afzetting als een VOB-bestand uitvoeren. Om dit te doen, voert u de laatste na verfijning coördinaten, bestanden detaillering structuur factoren en alle logboekbestanden. De online tools wordt automatisch uitgepakt uit alleen de relevante statistieken en technische gegevens, zoals structuur oplossing, schalen of verfijning. Ook dienen alle relevante gegevens die niet in de oorspronkelijke bestanden, zoals de naam van de auteur en bronvermelding informatie was opgenomen.
Bevestigen dat de structuur juist is. Dit omvat het valideren van gegevens zoals de bestandsindeling, structurele coördinaten of factor bestanden. Ook de volgorde opgenomen in de gegevenssjabloon voor fouten zoals ontbrekende zijketen dichtheden, klonen artefacten of zuivering tags worden gevalideerd. Eventuele fouten moeten hier worden bewerkt met behulp van ADIT of andere opdrachtregelprogramma's.
- Merk op dat er veel commerciële softwarepakketten beschikbaar waarmee deze procedure wordt vereenvoudigd, maar dit nog steeds een hoog niveau van vertrouwdheid en kennis van bioinformatica en biochemie vergt.
- VOB bestand maken is niet geschikt voor leken of ongeoefende personen als gevolg van de absolute vereiste van een inzicht in de structuurchemie en andere gespecialiseerde biochemische of bioinformatic disciplines. Zoeken naar een ervaren scientist voor een demonstratie van zijn methoden, aangezien verschillende laboratoria zullen toegang en gebruik van verschillende instrumenten. Niet proberen dit zonder voorafgaande training, zoals een onjuiste of beschadigde VOB-bestand per ongeluk kan worden voorgelegd aan een archief en veroorzaken problemen voor andere gebruikers. VOB archieven zijn berucht voor zulke fouten en inconsistenties.
